研究活動とその成果
研究員の活動
三井文庫（史料館）は、アーカイブズであると同時に三井に関する歴史研究をおこなう研究機関でもあります。現在、5名の専任の研究者が在籍して各自の研究を進めるとともに外部研究者と連携した共同研究（国の科学研究費交付事業その他）などにも参画しています。
三井文庫論叢
三井文庫研究員等の研究成果を公表する場として、財団法人としての再発足後間もない1967年に『三井文庫論叢』を創刊し、以後毎年1回発刊しております。
三井事業史
現三井文庫発足後の研究活動において多大の力が注がれたのは、戦前期の旧三井文庫以来の課題であった「三井の歴史」の編纂事業でした。その成果は『三井事業史』（全10冊、1971年～2001年）として刊行されました。
社会への発信
三井の歴史に関する研究成果を広く社会に向けて発信することにも取り組んでいます。市民向け講座や三井系企業の社員研修での講師を三井文庫研究員が務めております。また、2015年には財団法人創立50周年記念事業の一環として『史料が語る 三井のあゆみ』を三井の歴史についての入門書として刊行いたしました。