三井文庫は、社会経済史史料の保存・公開、調査研究をおこなう 史料館（三井文庫本館） と、美術品の保存・公開、調査研究をおこなう 三井記念美術館 からなる非営利の研究機関（公益財団法人）です。

史料館の起源は、20世紀初頭にさかのぼることができますが、1965（昭和40）年に財団法人として新たに発足し、特に公益に資するものとして、発足以来、文部科学省から特定公益増進法人（現在の名称）の認定を受けてまいりました。

1985（昭和60）年には文化史研究部門（別館）を併設し、数次にわたり三井家伝来の美術品・郵便切手等の寄贈を受け、また、その他の法人・個人からの寄附を受けて、研究・公開をおこなってまいりました。 2005（平成17）年10月には、所蔵する美術品を公開するために三井記念美術館を開設いたしました。

2010(平成22)年４月１日から内閣府より公益財団法人の認定を受け、法人名称を公益財団法人　三井文庫に変更いたしました。これにより、今まで通り当財団への寄附金に対しては、税制上の優遇措置が受けられます。

三井文庫の運営は、賛助会社からの寄附によって支えられております。